
ガンちゃん(櫻井 翔)は高田玩具店のひとり息子。父が開発中だった犬型の巨大ロボット・ヤッターワンを完成させ、ガールフレンドの愛ちゃん(福田沙紀)とともに、愛と正義のヒーロー、ヤッターマン1号・2号としてドロンボー一味と戦っている。ドロンジョ(深田恭子)をリーダーに、ボヤッキー(生瀬勝久)、トンズラー(ケンドーコバヤシ)の一味は、泥棒の神様ドクロベエの手先となり、4つ全部が集まると願いが叶うという伝説のドクロストーンを探しているのだ。
実は、考古学者の海江田博士(阿部サダヲ)はすでにドクロストーンのひとつを手に入れていたが、それを娘の翔子(岡本杏理)に預け、2つ目を探すためナルウェーの森へ旅に出たまま行方不明になっていた。
ガンちゃんと愛ちゃんに出会った翔子は、父を探すのを手伝ってほしいと頼む。博士が立ち寄ったはずのオジプトへ、ドロンボー一味が向かったとの情報を得たガンちゃんと愛ちゃんはヤッターマンに変身。ヤッターワンを出動させ、翔子と小型ロボットのオモッチャマを伴ってオジプトへ急行する。