救命救急医・松岡剛（妻夫木聡）のもとに一人の急患が運び込まれてきた。高熱、痙攣、吐血、全身感染とも言える多臓器不全……それは人類がいまだかつて遭遇したことのない感染症状であった。新種のインフルエンザか？ あるいは別の新型ウイルスなのか？ 医師達の必死の処置もむなしく、患者は死亡してしまう。感染拡大を防ぐため、WHO（世界保健機関）からメディカルオフィサー小林栄子（檀れい）が派遣されてきた。実は松岡と栄子は、かつての恋人同士であった。
戸惑う松岡をよそに、栄子は迅速に病院を隔離して「封じ込め」を推進していく。冷酷な決断も辞さない栄子に周囲の反発が高まるが、松岡だけは気づいていた。その心の内に秘められた温かな感情に。そして栄子もまた、献身的に患者と向きあう松岡の懸命な姿に再び惹かれていく。一方、感染患者第一号の死亡から数日の間に、全国各地で同じ症状の患者の死亡が相次いだ。未知なるウイルスの襲来に日本全土が混乱をきたしはじめていた。松岡や栄子をはじめ感染症と戦う医師や研究者達の、必死の抵抗を嘲笑するかのように、ウイルスはおそるべき速度で感染爆発していく。その猛威は想像をはるかに凌駕しており、３ヶ月以内に交通網・都市機能が停止、半年で国内の感染者数は数千万人にものぼるという、戦災をはるかに上回る事態が予想された。極限状況の中、誰もが、生命を賭けた選択を迫られる。人類は、この未曾有の感染パニックに終止符を打つことができるのか！？
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